華大基因家蠶超級(jí)泛基因組圖譜繪就入選2022國(guó)內(nèi)十大科技新聞

近日,由中央廣播電視總臺(tái)發(fā)布的2022年度國(guó)內(nèi)

、國(guó)際十大科技新聞名單正式揭曉。其中,西南大學(xué)家蠶基因組生物學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室主任、國(guó)家蠶桑產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系首席科學(xué)家代方銀教授團(tuán)隊(duì)聯(lián)合華大基因等單位合作完成的家蠶超級(jí)泛基因組項(xiàng)目成功入選2022年度國(guó)內(nèi)十大科技新聞。

研究團(tuán)隊(duì)通過對(duì)1078份蠶種質(zhì)資源進(jìn)行了深度短讀長(zhǎng)測(cè)序,對(duì)其中545份代表性資源進(jìn)行了長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序,產(chǎn)生55.57T基因組數(shù)據(jù),組裝了545個(gè)蠶的高質(zhì)量基因組,對(duì)100個(gè)基因組進(jìn)行了基因注釋,鑒定到4,300余萬個(gè)SNP

、930余萬個(gè)Indel、340余萬個(gè)結(jié)構(gòu)變異(SV)和7,308個(gè)新基因(家族),繪制了一個(gè)高精度家蠶泛基因組圖譜。該圖譜包含了目前全球最全面的家蠶與野桑蠶基因組信息,是全球動(dòng)植物領(lǐng)域樣本量最大的長(zhǎng)讀長(zhǎng)泛基因組。此外,研究團(tuán)隊(duì)在全球率先構(gòu)建家蠶基因數(shù)據(jù)庫(kù),對(duì)于開啟家蠶設(shè)計(jì)育種,賦能“改造家蠶、多元利用”等,將有重要深遠(yuǎn)的意義。

華大基因千蠶高精度基因遺傳變異圖譜入選2022國(guó)內(nèi)十大科技新聞

由于家蠶可視遺傳性狀豐富,基因組大小合適,對(duì)家蠶的基因組研究將對(duì)害蟲防治等具有重要應(yīng)用價(jià)值。早在2003年,日本率先開啟了家蠶基因組計(jì)劃,該計(jì)劃曾與曼哈頓原子彈計(jì)劃

、阿波羅計(jì)劃并稱為20世紀(jì)三大科學(xué)計(jì)劃的國(guó)際人類基因組計(jì)劃。

作為我國(guó)基因行業(yè)的奠基者,華大基因曾助力完成人類基因組計(jì)劃1%測(cè)序工作和水稻基因組項(xiàng)目,擁有成熟穩(wěn)定的基因組測(cè)序能力和世界領(lǐng)先的組裝拼接技術(shù)。為了讓中國(guó)重新掌握桑蠶業(yè)的話語權(quán),華大基因積極加大研發(fā)資源投入,為西南大學(xué)家蠶基因組研究團(tuán)隊(duì)提供技術(shù)支持,同時(shí)在測(cè)序組裝

、信息分析等方面提供專業(yè)支持。

時(shí)至今日,隨著國(guó)內(nèi)外動(dòng)植物基因組研究的不斷深入,越來越多物種的泛基因組被相繼公布,泛基因組現(xiàn)已在動(dòng)植物基因組學(xué)研究中被廣泛用于更為全面地評(píng)估物種內(nèi)遺傳多樣性。華大基因基于自主研發(fā)的多組學(xué)技術(shù)Stereo-seq,為研究團(tuán)隊(duì)提供“亞細(xì)胞級(jí)分辨率”和“厘米級(jí)全景視場(chǎng)”的技術(shù),并同時(shí)實(shí)現(xiàn)基因與影像的同時(shí)分析

。憑借在動(dòng)植物基因組學(xué)的研究經(jīng)驗(yàn)總結(jié),華大基因?yàn)檠芯繄F(tuán)隊(duì)提供長(zhǎng)讀長(zhǎng)+短讀長(zhǎng)測(cè)序結(jié)合Hi-C技術(shù)研究策略。

未來,華大基因?qū)楦嗫蒲袡C(jī)構(gòu)、企事業(yè)單位等提供多組學(xué)技術(shù)支持與服務(wù),攜手研究新興模式生物,不斷優(yōu)化升級(jí)多組學(xué)技術(shù),為基因組變異和優(yōu)良基因的深度挖掘提供科學(xué)支撐,助力動(dòng)植物育種新突破

。

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